В средние века Партенит входил в Готскую епархию Константинопольского Патриархата с центром в Доросе, с Партенитом связана деятельность известного епископа Готии VIII в. Иоанна. В VІІІ-X ст. Партенит находился под властью Хазарского каганата, а в X—XІІІ ст. — Византии.
В XІ-XV ст. входил в состав владений Республики Генуя, в 1475—1774 гг., вместе с Крымским ханством — в состав Османской империи, в 1774—1783 гг. — в составе Крымского ханства, с 1783 г. — в составе Российской империи.
В 1945 был переименован во Фрунзенское, в 1991 было возвращено историческое название.
Сегодня Партенит известен как климатический курорт.