Посреди городка была построена деревянная церковь во имя Живоносного Источника Пресвятой Богородицы, отчего этот город был назван Новобогородским. Против строительства Новобогородска возражали запорожцы, которые рассматривали строительство городка как посягательство на вольности запорожские. Для успокоения запорожцев, гетман Мазепа передал на Сечь 1000 золотых монет.
Первые поселения на территории современного Новомосковска появились в III веке до нашей эры. В XVII веке в районе современного Новомосковска запорожские казаки организовали несколько хуторов-зимвоников. С 1602 вблизи уже существовал Самарский Пустынно-Николаевский монастырь, бывший «войсковой» обителью запорожцев и находившийся под управлением сечевого коша и кошевого атамана, с 25 ноября 1791 имевший статус «дома Екатеринославских Архиереев». После уничтожения Екатериной ІІ Запорожской Сечи город был переименован в Новомосковск.